En Mallorca, en 1885 se empiezan a publicar estudios sobre sus restos arqueológicos en el Boletín de la Sociedad Arqueológica Luliana, entidad que había nacido en 1880 con la voluntad de salvaguardar y preservar en un museo el fondo patrimonial disperso, ya que, efectivamente, muchas de las colecciones se encontraban en manos particulares.

Por su parte, en Ibiza, los precedentes más o menos académicos de su arqueología fechan de 1903, año de la fundación de la Sociedad Arqueológica Ebusitana, entidad que tenía como objetivo reunir todos los hallazgos arqueológicos fortuitos que se habían sucedido desde mediados del siglo XIX y que también inició la programación de exploraciones en diversos yacimientos arqueológicos de la isla y de Formentera, como fue el caso, por ejemplo, del más emblemático de todos, el Puig des Molins. Pocos años después, en 1907, todos los objetos que conformaban el museo creado por la citada sociedad fueron cedidos al Estado, que aquel mismo año nombró a Rafael Vidal Garcia director de la nueva institución museística. Este nuevo museo estatal contó, a partir de 1911, con un nuevo director, Carlos Roman Ferrer, quien intentó proseguir las excavaciones en el Puig des Molins a partir del año 1913.

Las excavaciones arqueológicas en las Baleares no se hicieron con método científico hasta que se empezaron, en 1916, las exploraciones del Instituto de Estudios Catalanes lideradas por Josep Colominas. Efectivamente, en marzo de 1916 Colominas inicia su etapa de investigación en las Islas Baleares y excava primero en Ibiza, donde explora el Puig des Molins y otros yacimientos menores. Allí consigue formar un pequeño equipo de trabajadores conducidos por un hombre de confianza, Josep Marí. De este modo, a lo largo de todo el verano compagina las exploraciones de Ibiza con las de Mallorca y si en el mes de julio excava en Mallorca la cueva de Son Taixaquet (Llucmajor), en el mes de agosto de 1916 ya hace su primer envío a Barcelona de los materiales de sus excavaciones al Puig des Molins.

En otoño, de nuevo en Mallorca, trabaja en los talayotes de Santa Eugènia y Sencelles, en los asentamientos de Ses Salines de Santanyí y en la basílica de Son Peretó. Este ir y venir de una isla a la otra será una constante a lo largo de todos los años que seguirán, durante los cuales añade a los trabajos científicos las islas de Menorca y Formentera.

En Ibiza, el Instituto tuvo que conformarse en hacer trabajos menores; incluso Colominas pagó a Antonio Vives Escudero 125 pesetas para compensarlo por las excavaciones del Instituto en el Puig des Molins, donde el segundo tenía preferencia por el hecho de disponer de una concesión de permiso.

Un cariz más ágil tuvieron las excavaciones en Mallorca. Destacan, en primer lugar, las intervenciones llevadas a cabo en el yacimiento de Capocorb Vell, en Llucmajor, a partir de 1917, empresa que ocuparía a Josep Colominas con una dedicación y una intensidad notables al menos hasta el año 1926. Paralelamente a las excavaciones de Capocorb, Colominas excavó en muchos otros yacimientos cercanos, como Son Julià, Son Dalabau y Son Cresta, entre otros.