Les excavacions arqueològiques a les Illes no es van fer amb mètode científic fins que s’encetaren, l’any 1916, les exploracions de l’Institut d’Estudis Catalans liderades per Josep Colominas. Efectivament, el mes de març de 1916 Colominas comença la seva etapa d’investigació a les Illes i excava primer a Eivissa, on explora el Puig des Molins i altres jaciments menors. Allí aconsegueix de formar un petit equip de treballadors conduïts per un home de confiança, Josep Marí. D’aquesta manera, al llarg de tot l’estiu compagina les exploracions d’Eivissa amb les de Mallorca i si al mes de juliol excava a Mallorca la cova de Son Taixaquet (Llucmajor), al mes d’agost de 1916 ja fa la primera tramesa a Barcelona dels materials de les seves excavacions al Puig des Molins.

A la tardor, de nou a Mallorca, treballa als talaiots de Santa Eugènia i Sencelles, als assentaments de Ses Salines de Santanyí i a la basílica de Son Peretó. Aquest anar i venir d’una illa a l’altra serà una constant al llarg de tots els anys que seguiran, durant els quals afegeix als treballs científics les illes de Menorca i Formentera.

L’Institut va haver de conformar-se, a Eivissa, a fer-hi treballs menors; fins i tot, Colominas pagà a Antonio Vives Escudero 125 pessetes per compensar-lo per les excavacions de l’Institut al Puig des Molins, on el segon hi tenia preferència pel fet de disposar d’una concessió de permís.

Un caire més àgil tingueren les excavacions a Mallorca. Destaquen, en primer lloc, les intervencions dutes a terme al jaciment de Capocorb Vell, a Llucmajor, a partir de 1917, empresa que ocuparia Josep Colominas amb una dedicació i una intensitat notables almenys fins a l’any 1926. De manera paral·lela a les excavacions de Capocorb, Colominas excavà en molts altres jaciments propers, com Son Julià, Son Dalabau i Son Cresta, entre altres.