Desde el inicio, el Instituto de Estudios Catalanes llevará en su código genético el ADN de la investigación arqueológica. Así, ya en el año 1907 las actas de la Sección Histórico-Arqueológica harán eco de los descubrimientos de Joan Cabré en Calaceite (Bajo Aragón) y, por ejemplo, el 6 de junio de 1908 dichas actas mencionarán también la marcha hacia El Cogul de la expedición del Centre Excursionista de Catalunya subvencionada por el IEC con 500 pesetas. También en el año 1908, en el mes de mayo, Puig i Cadafalch explica a la Sección el hallazgo del horno de cerámica de Sant Martí Sarroca y en el mes de junio Josep Pijoan y Adolf Schulten, el excavador de Numancia, visitan Empúries una vez ya iniciadas la nuevas excavaciones de la Junta de Museos.

Más adelante, el 5 de noviembre del año 1909, las excavaciones emporitanas de la Junta de Museos localizan los primeros restos de la escultura de Asclepio, convertida en uno de los principales iconos del movimiento novecentista. La filosofía de la investigación arqueológica en el IEC huirá del aislamiento y en el año 1911 Jordi Rubió visita diversas excavaciones invitado por el marqués de Cerralbo, al tiempo que, en sentido contrario, el profesor Hugo Obermaier visita en Barcelona la sede del Instituto.

A lo largo de estos años asistimos siempre a una estrecha colaboración entre el Instituto y la nueva Junta de Museos de Barcelona. Esta colaboración favorece el estudio y la difusión de las investigaciones en las ruinas de Empúries. Las páginas de los sucesivos anuarios del Instituto de Estudios Catalanes serán un reflejo paradigmático de ello.