Des de l’inici, l’Institut d’Estudis Catalans durà en el seu codi genètic l’ADN de la recerca arqueològica. Així, ja l’any 1907 les actes de la Secció Histórico-Arqueològica es faran ressò dels descobriments de Joan Cabré a Calaceit (Baix Aragó) i, per exemple, el 6 de juny de 1908 les dites actes esmentaran també la marxa cap al Cogul de l’expedició del Centre Excursionista de Catalunya subvencionada per l’IEC amb 500 pessetes.

També l’any 1908, al mes de maig, Puig i Cadafalch explica a la Secció la troballa del forn de ceràmica de Sant Martí Sarroca i al mes de juny Josep Pijoan i Adolf Schulten, l’excavador de Numància, visiten Empúries un cop iniciades les noves excavacions de la Junta de Museus.

Més endavant, el 5 de novembre de l’any 1909, les excavacions emporitanes de la Junta de Museus localitzen les primeres restes de l’escultura d’Asclepi, esdevinguda una de les icones principals del moviment noucentista. La filosofia de la recerca arqueològica a l’IEC fugirà de l’aïllament i l’any 1911 Jordi Rubió visita diverses excavacions convidat pel marquès de Cerralbo, mentre que, en sentit contrari, el professor Hugo Obermaier visita a Barcelona la seu de l’Institut.

Al llarg d’aquests anys assistim sempre a una estreta col·laboració entre l’Institut i la nova Junta de Museus de Barcelona, entesa que afavoreix l’estudi i la difusió de les recerques a les ruïnes d’Empúries. Les pàgines dels successius anuaris de l’Institut d’Estudis Catalans en seran un reflex paradigmàtic.